Озброєний зброєю всіх своїх братів, Ронін шукає Ороку Хірото, онука Шреддера, який і вбив інших Черепашок–Ніндзя. Але натомість він стикається з ордами роботизованих Футів, бореться з ними, намагаючись дістатися своєї мети. Але в результаті, один з робо-ніндзя викидається разом із Роніном із вікна.
Збожеволілий Бакстер Стокман не зміг отримати Фуджітоїда і підірвав себе разом з ворогами: сам учений отримав жахливі опіки, проте черепашка з другом не пережили вибуху. Донателло і Сплінтер спробували укласти з Хірото перемир'я, але були віроломно атаковані ніндзя і загинули під градом стріл.
Мультсеріал завершується весіллям Кейсі та Ейпріл. Фіналом мультсеріалу 2003 року послужив телевізійний фільмЧерепашки назавжди», в якому головні герої об'єдналися зі своїми аналогами 1987 року в боротьбі проти Ч'релла, що повернувся.