Прийменник "в" пишеться окремо з іменником "течія", якщо йдеться про напрям руху води. "В течіїпишеться окремо з "і" на кінці, якщо можна вставити якесь прикметник між словами (у швидкому течіїв холодному течії). У течії річки були злами.
Тому правильно: "Приймати препарат протягом 3 днів", т. до." течія– Прийменник.
Якщо можна поставити запитання «де?» або йдеться про потік води – пишемо І: Ігор побачив плавця в течії річки (побачив де – у річковому течії, у потоці води)