Амебіаз (всекишкові інфекції, викликані Entamoeba histolytica, у тому числі амебна дизентерія, і всі позакишкові форми амебіазу, особливо амебний абсцес печінки), Лямбліоз, Профілактика анаеробних інфекцій при операціях на товстої кишці.
Максимальна концентрація орнідазолу у крові спостерігається вже через 3 години після його перорального прийому, причому з білками плазми крові зв'язується менше 15% препарату, що надійшов усередину. При курсовому лікуванні препарат акумулюється в організмі.
Орнідазол має кращі фармакокінетичні параметри, ніж метронідазол, і дозволяє зменшувати тривалість лікування, не знижуючи його ефективності, а також має кращу переносимість та комплаентність.