Для дослідження збирають свіжовиділений кал. За 3 – 4 дні до дослідження скасувати прийом проносних препаратів, касторової та вазелінової олії та припинити введення ректальних свічок. Калотриманий після клізми, а також після прийому барію (при рентгенівському обстеженні) для дослідження непридатний.
Протягом 3-4 діб до збору аналізу необхідно виключити з харчування м'ясо (печінка, яловичину, баранину), деякі овочі (огірки, диню, цвітну капусту, редис, хрін, турнепс, капусту броколі, болгарський перець, шпинат, яблука, квасоля) .
Збирати кал для дослідження слід зранку, натще. Якщо це важко, можна, можливо підготувати пробу заздалегідь, але не більше ніж за 8 годин перед її здаванням до лабораторії. У цьому випадку пробу зберігати у холодильнику (не заморожувати!).
Що показує аналіз калу на дисбактеріоз? У аналізі оцінюється концентрація та співвідношення «корисних» (лактобактерії, біфідобактерії, кишкова паличка), умовно-патогенних (ентеробактерії, стафілококи, клостридії, гриби) та патогенних (шигели, сальмонели) мікроорганізмів.