Необхідно змішати вміст ампули з 200 мл очищеної води. Після цього можна полоскати горло протягом кількох секунд. Розчин слід використовувати повністю. На день можна проводити 3-4 процедури.
Застосовують 0,1-1% (1-10 мг/мл) розчини Діоксидину. Для отримання розчинів потрібної концентрації препарат розводять стерильним розчином 0,9% натрію хлориду або водою для ін'єкцій. Для лікування поверхневих інфікованих гнійних ран на рану накладають серветки, змочені 0,5-1% (5-10 мг/мл) розчином Діоксидину.
Для отримання 0,25% розчину ампульні розчини препарату розводять до потрібної концентрації стерильним 0,9% розчином натрію хлориду або водою для ін'єкцій у співвідношенні 1:3 (1 частина розчину Діоксидину та 3 частини розчину натрію хлориду чи води для ін'єкцій). Розчин готують у скляному або пластиковому посуді.
Препарат вводять у порожнину зазвичай 1 раз на добу. За показаннями можливе введення добової дози у два прийоми. При хорошій переносимості та наявності показань препарат можна вводити щодня протягом 3-х тижнів та більше. За потреби через 1-1.5 місяці проводять повторні курси.