Інкубаційний (прихований) період триває від 2 до 21 днів. Ознаки енцефаліту з'являються через цей час. Коли вірус проникає в кров, з'являються симптоми. енцефаліту, що нагадують грип: втома, стомлюваність, слабкість, зниження апетиту, може бути ломота в кістках, підвищення температури
Наслідки укусу кліща та ознаки інфікування різняться залежно від форми захворювання та реакції організму, проте найчастіше з'являються:
- характерна набряклість та яскраве почервоніння у місці контакту з кліщем;
- підвищення температури;
- озноб;
- загальне погіршення самопочуття;
- млявість, сонливість;
- швидка стомлюваність;
Інкубаційний період кліщового бореліозу становить – від 2 до 30 днів, у середньому – 2 тижні. Характерною ознакою початку захворювання є поява дома укусу кліщем почервоніння шкіри.