Відповідно до генетичних досліджень, цитрусові з'явилися 8 млн років тому на північному сході Індії (в Ассамі), М'янмі та південно-східному Китаї. У процесі одомашнення від цитрону та Citrus micrantha отримали мексиканський лайм, від цитрону та кислого апельсина (Sour orange) – лимон.
Існує припущення про походження як гібрид мандарину (Citrus reticulata) і помело (Citrus maxima). Рослина культивувалося в Китаї ще за 2,5 тисяч років до н. е. Найраніша згадка про апельсині міститься у китайському джерелі від 314 року до н.
Так, цитрон став «батьківським» видом для лимона та мексиканського лайма, гібридизація помело з мандарином призвела до появи апельсина і підвидів мандарину, більших за розміром, ніж дикі. А в результаті схрещування помело з апельсином вийшов грейпфрут.