Озерна вода слаболужна, сульфатно-хлоридна, натрієво-калієва, з підвищеним вмістом магнію, має високий ступінь мінералізації, до її складу входять такі мікроелементи, як стронцій, літій, алюміній, залізо, уран. Зміст солей протягом усього озера неоднаковий, найвищий у центральній частині.
Степовий клімат, цілющі грязі, мінеральні питні та солоні води роблять озеро Шира унікальним комплексом Південного Сибіру. Тут лікують хвороби органів травлення, ендокринної системи, органів дихання, хвороби сечостатевої сфери, захворювання кістково-м'язової системи, нервової системи.
Але для Арала вона стала фактично смертельною. Інтенсивне сільське господарство призвело до розбору води з Амудар'ї та Сирдар'ї, що викликало швидке усихання Аралу. З падінням рівня води зростала солоність. Зростання солоності призвело до загибелі риби та зміни видового складу.