А великий полководець Амір Тимур зробив Самарканд столицею своєї величезної імперії. За правління Улугбека, онука Тимура, Самарканд перетворився на науковий та культурний центр Середнього Сходу. Сьогодні Самарканд – місце, де дбайливо зберігаються реліквії давнини.
Після руйнівної навали монгольських військ на чолі з Чингізханом Самарканд перетворився на руїни. Тому, коли Амір Темур вибрав цей місто столицею своєї величезної імперії, він не став відновлювати руїни Афрасіаба, а почав будувати новий Місто на південь від старого.
У VI-IV ст. до зв. е. тут процвітала Ахеменідська чи, як її ще називали, Перська держава.