Моря і основні затоки розташовані вздовж узбережжя океану (за годинниковою стрілкою): Червоне море, Аравійське море (Аденська затока, Оманська затока, Перська затока), Лаккадівське море, Бенгальська затока, Андаманське море, Тиморське море, Арафурське море (затока Карпентарія), Велика Австралійська затока, море Моусона, …
В склад Індійського океану входить 11 морів. При цьому п'ять із них розташовані біля берегів Антарктиди і тому відносяться деякими географами до Південного океану.
Узбережжя Індії, довжина якого становить понад 7 тис. км., омивається водами Індійського океану – Бенгальською затокою з південного сходу і Аравійським морем з південного заходу.
Мозамбікська протока відокремлює Мадагаскар від африканського континенту. До басейну Індійського океану належать найбільші річки Азії: Салуїн, Іраваді та Ганг з Брахмапутром, що впадають у Бенгальську затоку; Інд, що впадає в Аравійське море; Тигр і Євфрат, що зливаються трохи вище впадання в Перську затоку.