Перед проведенням гастроскопії рекомендовано зробити ЕКГ та здати аналізи: клінічний аналіз крові, групу крові та резус-фактор, аналіз на ВІЛ, сифіліс, гепатити В та С.
Однак різниця все ж таки присутня. Під час ФГС обстежується лише стан шлунка (слизової оболонки, стінок, епітеліального шару). При необхідності за допомогою ендоскопа лікар може взяти біопсію та аналіз на наявність бактерій Хелікобактер Пілори.
До відносних протипоказань відносяться: Серцева недостатність Аневризма грудної ділянки аорти, стеноз (звуження) аорти Тяжка гіпертонічна хвороба (гіпертонічний криз)