Мускатний горіх має як корисні властивості, а й протипоказання. Його не можна вживати при індивідуальній непереносимості, серйозних психічних розладах, вагітності (може спровокувати викидень) та грудному вигодовуванні, а також малюкам молодше 3 років. Старшим дітям можна давати випічку з пряністю.
Він зміцнює нервову систему, пам'ять, лікує хвороби серця, імпотенцію та сексуальні розлади, а також багато доброякісних пухлин (зокрема, мастопатію). Мускатний горіх ефективний при лікуванні простудних захворювань, і тому часто входить до складу зборів, що зміцнюють імунітет.
Фахівці з університету Наньчанського провели дослідження на мишах. Вчені виявили, що мускатний горіх захищав печінка гризунів. Він знижував рівень запалення у органі. На думку дослідників, секрет у лігнанах – антиоксидантах, що містяться в мускатному горіху.