У пуповинної крові містяться стовбурові клітини. Їх використовують для лікування понад 70 різних захворювань, переважно лейкемій та інших захворювань кровотворних органів. Одне з найчастіших застосувань пуповинної крові – для новонароджених, яким проводять операцію на серці у перші години життя.
Мезенхімальні стовбурові клітини також мають протизапальний ефект, і застосовуються в лікуванні аутоімунних захворювань (розсіяний склероз, неспецифічний виразковий коліт, хвороба Крона, ревматоїдний артрит, системна склеродермія, анкілозуючий спондилоартроз, системний червоний вовчак, васкуліти).
Поки що порція пуповинної крові зберігається в банку, вона може служити також і донору (новонародженому), якщо він захворіє на хворобу, для лікування якої знадобиться трансплантація стовбурових клітин, і буде потребувати трансплантації власних стовбурових клітин.