Найвідоміші харчові інфекції, що викликаються мікроорганізмами – сальмонельоз, шигельоз (бактеріальна дизнетерія), ієрсиніоз, кампілобактеріоз, листериоз, інфікування кишковою паличкою (Escherichia coli) та ін..
В організм людини з їжею можуть потрапити різні бактерії – стрептококи, стафілококи, сальмонели, ентерококи та ін. Причиною токсикоінфекції є не так самі мікробискільки токсини – отруйні речовини, що утворюються в результаті життєдіяльності цих мікробів.
Часто отруєння викликають брудні фрукти та ягоди, сира вода та молоко, зіпсовані кисломолочні продукти. Сальмонельоз може виникати через споживання зіпсованого м'яса, яєць, немитих овочів та зелені. Недотримання правил гігієни також часто стає причиною харчових отруєньособливо у дітей.
Пестициди, нітрати, нітрити, нітрозаміни, солі важких металів, циклічні вуглеводні та ін. Озерна риба деяких районів світу в окремі роки.