Винятковим розмаїттям відрізняються байкальські гамариди. Нині їх відомо понад 270 видів. Вони всеїдні і є найважливішими санітарами Байкалу.
Планктон та турбеллярії Вони служать їжею для численних байкальських риб і відіграють важливу роль в очищенні озера, поїдаючи рештки інших організмів, що опускаються на дно озера. У всій товщі вод озера блукає мікроскопічний планктон.
Живі організми в озері Байкал поширені від поверхні до максимальних глибин. В озері налічується 58 видів риб. Найбільш відомі – омуль, сиг, харіус, таймень, осетр, голом'янка, льонок. На узбережжі Байкалу зростає близько 2000 видів рослин.
Одним із специфічних жителів озера є крихітний веслоногий рачок епішур – головний чистильник Байкальської води. Рачки епіщури поїдають різні водні суспензії, завдяки чому вода стає чистою та прозорою.