Найбільші притоки – рр. Нерча, Куенга, Куренга, Кия, Чорна. Річка судноплавна.
Головні притоки: Нерча, Куенга, Чорна – ліворуч.
харчування річки переважно дощове. Для Шилки характерні невисоке весняне повінь і літні повені з витратами води, що перевищують витрати води в повінь. Найбільша витрата води 11 400 м3/с.
В Ононі мешкають осетр, великий таймень, сазан, льонок, щука, кінь-губар, а в гірських притоках багато харіуса, чебака, краснопірки та інших. риб. Крім того, з Шилки в Онон заходить велика — до 200 кілограмів — білуга.