Комплекс Гольджі бере участь у накопиченні продуктів, синтезованих в ендоплазматичній мережі, в їх хімічній перебудові та дозуванні. Основні його функції сортування синтезованих речовин та виведення їх з клітини, а також формування мембран, утворення лізосом.
Функції апарату (комплексу) Гольджі: 1) модифікація та упаковка речовин; 2) накопичує органічні речовини, синтезовані у клітині; 3) транспорт (винесення) речовин із клітини; 4) утворення первинних лізосом.
Функції ЕПС: поділяє цитоплазму на відсіки; забезпечує синтез білків, вуглеводів та ліпідів; транспортує речовини всередині клітини. Синтезовані в клітині речовини каналами ЕПС транспортуються до комплексу Гольджі.