У первинноротих тварин (більшість безхребетних) М. утворюється телобластичним способом – з великих клітин – телобластів, що лежать між ектодермою і ентодермою в задньому кінці зародка і потрапляють у процесі гаструляції в первинну порожнину тіла, де вони розмножуються і перетворюються на дві мезодерм.
Мезодерма З середнього шару – мезодерми — формуються переважно такі органи: м'язи, вистилання вторинної порожнини тіла, органи кровоносної, видільної та статевої систем, у хребетних та голкошкірих – внутрішній скелет.
З мезодерми згодом формуються хорда, хрящовий та кістковий скелет, м'язи, нирки, кровоносні судини. Мезодерма та її похідні надають індукуючий вплив на розвиток похідних ектодерми та ентодерми і в свою чергу зазнають індукуючого впливу з їхнього боку.